La Comandancia Naval de Sevilla, ubicada actualmente en la avenida Moliní, tiene previsto trasladarse y volver 80 años después a las instalaciones de la Torre del Oro como parte de la reestructuración de la Fuerza de Acción Marítima ordenada por el Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada. Al frente estará un capitán de navío en activo que compaginará los cargos de Comandante Naval de Sevilla y director del Museo Marítimo.

Fue en el año 1822 cuando se estableció la Capitanía de Puerto en la Torre del Oro, considerada la más antigua de los puertos españoles. Ya en el siglo XX, a la finalización de la Exposición Internacional Iberoamericana de Sevilla de 1929, la Comandancia de Marina fue trasladada al Pabellón de la Marina, que es donde actualmente se encuentra ubicada, traslado que se concretó en 1933.

A lo largo del siglo XX, los cometidos y funciones de las comandancias de Marina se mantuvieron dentro de una misma tónica con la natural adaptación a los tiempos, pero esta tendencia cambió en 1993, momento en el que el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación asumió el ejercicio de las funciones que en materia de pesca marítima venían desarrollando las comandancias y ayudantías de Marina.

En 1995, las comandancias de Marina dejan, además, de desempeñar las funciones de órgano periférico del Ministerio de Obras Públicas, Transportes y Medio Ambiente en materia de marina mercante.

La denominación actual de Comandancia Naval de Sevilla quedó definitivamente ratificada en 2004 por el Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada.